Lilleoru Põhikooli teeb eriliseks:
- õpime väikestes klassides nagu peres;
- õppeprotsess on mänguline ja lapse loomulikule huvile toetuv, suur rõhk on koostööl ja hoolimisel, lapselt lapsele õppimisel;
- õppetegevusse on integreeritud sisemiste protsesside tundmaõppimine ja korrigeerimine;
- rakendame positiivse pedagoogika põhimõtteid, innustame last märkama oma tundeid ja edukogemusi ning tunnistama oma tugevusi;
- loome lastele võimaluse oma kogemuste jagamiseks ning ühiseks tähendusloomeks koos teistega – hommiku- ja õhturingid, laps on märgatud ja kuulatud kogu päeva jooksul, vaikusehetked, et laps märkaks oma tundeid, eneseväljendus läbi kunsti, kandle- ja flöödimängu, tegevused ja tööd aias ning metsas, laste initsiatiivil toimuvad huvipõhised projektid, sündmused jm;
- igapäevased joogal põhinevad füüsilised harjutused keha paindlikkuse ja vastupidavuse arendamiseks, hingamis- ja tähelepanuharjutused keskendumisvõime parandamiseks;
- õuesõppe ja vabamängu suur osakaal, asetame lapse aktiivse toimija positsiooni;
- kogukonnas õppimise ja tegutsemise kogemine, meistrite ehk kogukonna liikmetest tippspetsialistide kaasamine õppetöösse;
- välisvabatahtlikega õppimise ja tegutsemise kogemine;
- koolimaja asub vaikses ja looduskaunis paigas;
- pakume kohapeal valmistatud tervislikku toitu, vajadusel arvestame erimenüüga;
- lisaks vanema taotlusel rakendatavale iseseisvale koduõppele pakume juhendatud koduõpet .